Конфокальный микроскоп — оптический микроскоп, обладающий значительным контрастом по сравнению с обычным микроскопом, что достигается использованием апертуры, размещённой в плоскости изображения и ограничивающей поток фонового рассеянного света.

Оптическая система конфокального микроскопа отличается от compound микроскопа, тем, что изображение образца, получается за счет сканирования лазерным лучом, а также наличием точечной диафрагмы с регулируемым диаметром, которая совмещена с предметной плоскостью (от сюда принцип конфокальности). Точечная диафрагма отсекает внефокусный свет, и таким образом, в один момент времени на систему детекции может попасть только излучения от небольшой зоны образца, так называемого, конфокального объема. В результате сканирования по оси Z удается получить последовательность оптических срезов, в каждом из которых внефокусный свет подавлен или устранен полностью, что позволяет получить недостижимую для традиционной световой микроскопии разрешающую способность (латеральную порядка 230 нм, аксиальную вплоть до 1 нм) и максимальное отношение сигнал/шум. Информацию о трехмерной структуре объекта можно получить, совместив полученную последовательность оптических срезов.